Coordinatie van de gezondheidsactiviteiten voor planten en ziet erop toe dat er veilig en gezond plant/voedsel wordt geproduceerd ten behoeve van de consument.

Aangezien het Min. van LVV verantwoordelijk is dat de internationale standaarden en normen op de JUISTE wijze worden toegepast, worden verschillende systemen ontwikkeld en toegepast om faciliterend naar de sector op te treden. Hierbij kunnen genoemd worden: Good Agricultural Practice (GAP) Registratie Systeem, Trace-Back Systeem, Pesticide Registratie en Management Systeem

Dit onderdirectoraat doet zelf geen onderzoek, maar krijgt ondersteuning van Onderdirectoraat Landbouwkundig Onderzoek. Dit onderdirectoraat geeft vergunningen, doet inspecties , voert lab analyses uit t.a.v. pesticide residuen.